Créé en 1959, le club était à l’origine une section de la MJC de Chambéry. Les embarcations utilisées alors étaient des canoës en bois dépontés, recouverts d’une toile sanglée pour l’étanchéité. Les kayaks, rigides ou pliants, étaient entoilés sur une ossature en bois et leurs propriétaires exploraient les rivières sans casque, gilet de sauvetage ou réserves de flottabilité.
Les récits des premières compétitions ne sont pas glorieux : « Notre technique était tellement rudimentaire que la première année, quand nous cherchions les Chambériens sur une liste de résultats, nos regards se portaient immédiatement vers le bas de la feuille. Je me souviens de n’avoir pas osé aller m’entraîner sur un bassin de slalom, estimant que j’avais suffisamment de chances d’aller à l’eau pendant la compétition. » (Jean GAYET)
Très rapidement la technique et le matériel s’améliorent : les « combinaisons d’homme grenouille » apparaissent ainsi que les gilets de sauvetage à boudins d’air (qui se remplissait d’eau une fois crevés).
Lorsque les toiles recouvrant les bateaux furent usées, on les remplaça par des couches de tissu de verre. André BARDAGOT demanda à des ingénieurs de l’usine du Verre Textile de Chambéry de venir donner des cours de stratification à l’atelier de la MJC et organisa des stages. Et c’est ainsi que les bateaux en bois furent recouverts de résine. Puis des moules furent construits et des bateaux totalement en fibre de verre en sortirent. Les rouleaux de « mat » et de « tissu » étaient donnés par l’usine, et quand il n’y eu plus d’approvisionnement officiel, il fallu aller les récupérer le soir à la décharge avant le passage du bulldozer chargé de tout compacter.
Chaque année, lors de l ‘assemblée générale du club, le gagnant du challenge dessalage recevait une Pôche, grande louche en argenterie des Bauges gravée par Francis BLANC. Les dessalages étaient soigneusement comptés et le premier récipiendaire fut Paulo PERRIER, en 1961. Paulo parti ensuite découvrir les rivières du monde entier et ramena des films éblouissants du Colorado, de l‘Amazone, Turquie, Maroc, Canada…
Le club organisa sa première manifestation sur l’Arc en 1961, puis le slalom de la Leysse vit le jour en 1964. Ce slalom fut déplacé quelques années sur l’Albanne, et est maintenant organisé tous les ans au Bourget du lac. Il est encore aujourd’hui une référence pour tous les jeunes de Rhône Alpes. 
Dès 1963, les premiers titres de champion de France en slalom et descente commencent pour les sociétaires du club, dont les meilleurs entrent en équipe de France en 1965 et glanent les premières médailles mondiales.
A partir de 1967, le club est animé par Bernard DAILLE et Gérard ALLEMOZ, qui resteront aux commandes pendant plus de 30 ans.
Lors des Championnats du Monde de 1969 à Bourg Saint Maurice, tout le club est en déplacement en Tarentaise. Les frères DEVILLENEUVE s’entraînent et les copains s’occupent de l’intendance : il faut remuer les rochers dans l’Isère, tracer des sentiers au bord de l’eau, installer des escaliers en rondins pour rejoindre les hauteurs où d’autres gèrent le camping. Une fois tout en place, les Chambériens se transforment en plongeurs et assurent la sécurité des courses. Les frères DEVILLENEUVE ramènent une médaille de bronze par équipe.
En février 1972, un slalom esquimautage a lieu à la piscine de Buisson-Rond, avec 15 portes et 6 esquimautages au menu. L’apprentissage de l’esquimautage à la piscine de Buisson Rond durera pendant une quinzaine d’hiver.
Les titres et les médailles aux Championnats de France slalom ou descente s’accumulent pour les Chambériens et en 1971 le club est sacré meilleur club français d’eau vive devant le club de Vallon Pont d’Arc emmené par Claude PESCHIER (champion du Monde en 1969). Le challenge Eaux Vives reviendra au club en 1974, après être resté 3 ans à Vallon.
Les internationaux se nomment Luc VERGER, Gérard DENAT, Gilles BELLET, Christian FROSSARD… et ils reviennent médaillés de chaque championnat du Monde auquel ils participent !
Christian FROSSARD est champion du monde par équipe en kayak slalom en 1977. Il participe alors à une émission télé à succès : « La tête et les jambes » où il doit, pour rattraper les erreurs d’un équipier, effectuer un slalom sans fautes avec cinq esquimautages.
Dans les années 80, la Compagnie Nationale du Rhône construit à Yenne un bassin de slalom et le premier sélectif national slalom y est organisé en 1986. Ce bassin reste aujourd’hui un site privilégié d’entraînement géré par le club et le comité départemental, et accueille tous les ans des compétitions de niveau national.
Entre 80 et 99, les frères DAILLE, associés à différents équipiers en C2 récoltent presque une cinquantaine de médailles en Championnats de France ou Mondiaux de slalom. Bertrand Daille est le premier chambérien à participer aux Jeux Olympiques en 1992. 
En 1999, le club a 40 ans et change de nom et de local. Il devient le Canoë Kayak Club de Chambéry Le Bourget et s’installe au bord de la Leysse au Bourget du Lac.
Le club s’ouvre alors sur les disciplines d’eau calme et découvre kayak polo, course en ligne et dragon boat.
En 2007, une équipe du club (20 rameurs) participe aux Championnats du Monde de Dragon Boat. Cette embarcation est maintenant utilisée par les Dragon’Elles de Savoie, femmes atteintes du cancer du sein qui profitent de ces moments de partage sportif pour se reconstruire.
Une convention avec le Lycée agricole de La Motte Servolex permet d’offrir une qualification professionnelle, et le club accueille régulièrement collèges, lycées, sections universitaires ou de retraite sportive.
En 2019, le club est classé 11ème club français en slalom,l’équipe de kayak polo est en nationale 4, et l’association est forte de ses différentes sections loisir, jeunes, entraînement slalom, kayak adapté au handicap et Dragon Ladies.
